Le troisième duc de Norfolk, Thomas Howard (1473-1554), en faveur auprès qui avait les faveurs d'Henri VIII, réussit à faire des reines de ses deux nièces, Anne Boleyn, et Catherine Howard), mais elles furent toutes (les) deux exécutées d’pour adultère.

« en faveur de » veut dire « au bénéfice de » (ために). « Avoir les faveurs de quelqu'un » signifie être bien vu de quelqu'un, être protégé par lui etc. « Avoir LA faveur de » (singulier) signifie plutôt « être préféré »
« toutes deux » est plus littéraire que « toutes les deux », mais le sens ne varie pas

Thomas lui-même finit par perdre laes faveurs du roi et être emprisonné à/dans la tour de Londres en 1546.

En 1553, il se vit conférer de nouveau le titre du duc, accordé/reconnu paour sa contribution pourà l’ascension de la reine Marie.

un titre reconnu PAR sa contribution = c'est la contribution qui permet de reconnaître le titre (« par » indique un moyen, comme la particule で)
un titre reconnu POUR sa contribution = la contribution est la cause qui fait qu'on lui reconnaît le titre (« pour » indique une cause, un peu comme から)
contribuer/contribution À quelque chose