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Il n'est pas toujours gentil = he's not always nice (il y a des moments où il est gentil, d'autres pas)
Il n'est toujours pas gentil = he still isn't nice (il n'était pas gentil par le passé et ça continue encore maintenant)

Il n'est pas encore gentil = he's still not nice (on s'attend à ce qu'il soit gentil, mais ce n'est pas encore arrivé)
Il n'est encore pas gentil = he's not nice, again (une fois encore, il se montre méchant)

Il n'est pas vraiment gentil = he's not really nice (euphémisme, il n'est pas très gentil)
Il n'est vraiment pas gentil = he's really not nice (il n'est pas gentil du tout)
Même chose avec « franchement »

Je n'ai jamais vu « pas nettement », ça me semble étrange comme usage, peu idiomatique

J'ai fait les phrases d'exemples en anglais car je ne suis pas sûr de pouvoir exprimer toutes ces nuances en persan..!