En 1559, Philippe II d’Espagne, fils aîné de Charles Quint, se maria avec Élisabeth de Valois, fille d’Henri II, et Catherine de Médicis.

se maria avec Élisabeth de Valois, fille d’Henri II, et Catherine de Médicis = il s'est marié avec Élisabeth ET Catherine (il a eu deux femmes !)
Une virgule peut faire toute la différence ! :)

Ce mariage fut été décidé dans len cadre de la paix du Cateau-Cambrésis.

Soit « a été (décidé) » (passé composé), soit « fut (décidé) » (passé simple). Les deux temps ont la même valeur mais morphologiquement, vous ne pouvez pas mélanger les deux formes
dans le cadre de quelque chose

La mariée eut étédevait être à l’origine la fiancée de Don Carlos, fils unique du roi de l’Espagne.

On aurait écrit « eût été » (qui correspond à « aurait été ») si une condition avait manqué de se réaliser dans le passé
Ici, vous voulez dire qu'au départ, une autre femme était supposée se marier à Philippe II. L'imparfait suffit

Après avoir donné deux princesses, Élisabeth fut décédéea en 1568.

elle fut décédée en 1568 = elle était déjà morte en 1568 (et le temps utilisé implique qu'elle ne l'est plus !)
elle décéda/elle est décédée en 1568 = 彼女は1568年に亡くなりました。

Quelques mois avant sa mort, Don Carlos avait mortdécéda lui aussi.

Même chose ici : dans une biographie, on met l'accent sur l'action (passer de vie à trépas), pas sur l'état (« être mort »)

Guillaume Ier d’Orange-Nassau et d’autres reprochèrent à Philippe II d’e les avoir empoisonnerés tous les deux, mais la vérité reste un mystère.

Ils lui ont reproché une action achevée = infinitif passé => de les avoir empoisonnés