私の部屋の横には弟の部屋があります。 私の部屋の横には弟の部屋があります。

私の部屋の横はに弟の部屋があります。 私の部屋の横に弟の部屋があります。

When you say あります/います, the place marker is に. If you use は (as the topic marker,) you can say 私の部屋の横は弟の部屋です。

私の部屋の横はに弟の部屋があります。 私の部屋の横に弟の部屋があります。

私の部屋でには大きい窓があります。 私の部屋には大きい窓があります。

私の部屋ではに（は）大きい窓があります。 私の部屋に（は）大きい窓があります。

You can say either に alone or には here.

私の部屋でには大きい窓があります。 私の部屋には大きい窓があります。

大きい窓の横でに私のベッドと兄の机があります。 大きい窓の横に私のベッドと兄の机があります。

大きい窓の横でに私のベッドと兄の机があます。 大きい窓の横に私のベッドと兄の机があます。

大きい窓の横で私のベッドと兄の机があます。 大きい窓の横で私のベッドと兄の机があます。

RookeryOfPenguinsさんの机と、お兄さんのベッドはどこにありますか？

部屋の前でにはドアがあります。 部屋の前にはドアがあります。

部屋の前でにはドアがあります。 部屋の前にはドアがあります。

部屋の前では入口にドアがあります。 部屋の入口にドアがあります。

テーブルとソファがはありません。 テーブルとソファはありません。

テーブルとソファがはありません。 テーブルとソファはありません。

が is often used to introduce new information or emphasize something (depending on the context). Here, it's more like contrast with other furniture or parts of the room. In this case, you use は.

（私の部屋には？）テーブルとソファがありません。 （私の部屋には？）テーブルとソファがありません。