Bonsoir Madame, ¶
Est-ce que les taches brunes danssur les feuilles de maon plante de tomate ne sont pas une cause d'inquiétude?

Tomato plant = un plant de tomate
You can have either:
1. Est ce que les taches sont une cause d'inquiétude ?
Or
2. Les taches ne sont-elles pas une cause d'inquiétude?
(Or
Les taches sont-elles une cause d'inquiétude?)
But having the negative in sentence 1 doesn't work.

La zucchinicourgette est une très grande plante!

Combien de légumes poussent danssur chaque plante?

Vous avez mentionné que les plantes nécessitentont besoin de beaucoup de nutriments.

Est-ce que lLe compost n'est-il pas suffisant?

Another useful word for compost est terreau.

J'ai planté quelques-unes de mes graines, mais il est très difficile d'avoir l'espoir qu'elles soient grandesgerment.

Germent if they're not coming up at all. Or you could use poussent if they're germinating but not thriving.

Comment êtes-vous restée confiante quand vous avez commencé votre voyage de potagerparcours d'horticultrice?

Confiant is in the feminine confiante as your recipient is madame.
I'm guessing you mean journey for voyage but it doesn't work in this context. Parcours is a more appropriate word.
Horticulteur/ horticultrice is someone who tends a vegetable patch. A maraîcher is the same but they also sell their produce.