これは「いえ」か　ですか？「うち」ですか？ これは「いえ」ですか？「うち」ですか？

他にも、「これは「いえ」か「うち」のどちらですか？」と書くこともできます。

でも　違うこと　なに　で何が　違いますか？ でも　何が　違いますか？

でも　違うこと　なに　、違いは何ですか？ でも、違いは何ですか？

「違うこと」という言葉は、あまり聞かないですね。シンプルに「ちがい」と表現することの方がとても多いです。（例：ライオンと虎の違いは何ですか？） ちなみに、「何ですか？」の読み方は、「なんですか？」です。漢字としては「なに」ですが、ここでは読み方が「なん」になります。

両方　はとも　同じ意味　ですか？ 両方　とも　同じ意味　ですか？

両方　は　これらは同じ意味　ですか？ これらは同じ意味ですか？

「両方」という言葉を使うのであれば、「両方の意味は同じですか？」と書くこともできますが、「これら」を使った方がより自然に聞こえます。

たくさん　質問　が　あるのだ！ たくさん　質問が　あるのだ！

たくさん　質問　のだ！聞きたいことがたくさんあります。 聞きたいことがたくさんあります。

「たくさん質問があります」といった表現でもOKだと思います。「質問」と「聞きたいこと」は意味としては同じような感じです。「聞きたいこと」の方がより軽い言い方になります。

私　（に）は　長い　道のり　が　あります！ 私　（に）は　長い　道のり　が　あります！

私　は　長い　道のり　が　あります！習得するのに、長くかかりそうです。 習得するのに、長くかかりそうです。

元の文章でも言いたいことはわかりますが、少し遠回しな表現すぎるかもしれません。あなたをよく知っている人と話していたら、伝わるかもしれませんが。

日本語を勉強　しながら、「うち」と「いえ」　で　意味　が　”家”　使うを　意味する　のはを　見ました。 日本語を勉強　しながら、「うち」と「いえ」　が　”家”　を　意味する　のを　見ました。

日本語を勉強　しながら、「うち」と「いえ」　で　意味　が　”家”　使うする　のは　で”家”を使い分けるのを見ました。 日本語を勉強しながら、「うち」と「いえ」で”家”を使い分けるのを見ました。

ここでは「意味」というよりは、「読み方」や「使い方」が異なるので、少し修正しました。