Je n'avais pas noté que j'ai eu vais (un) cours ce matin-là.

If you're talking about the morning of this very day, you can't use "-là", which is basically a "that", indicating another morning far away in time, so not today.

Jusqu'à 8h40 de ce matin, après que j'ai, après avoir terminé le petit-déjeuner et, alors que j'étais entrain de me mettre au travail, j'ai regardé mon téléphone par hasard (d'habitude, je ne regarde pas le téléphone le matin si je reste chez moi deà travailler) et il y avait une grande activité de messages sur Whatsapps qui s'agitaient sur des choses liées au cours de ce matin.

No need to specify "8h40 de ce matin" here, the context makes it clear

J'étais étonnée et puis Jj'ai vérifié qu'on avait vraiment le cours ce matin-là, mais même si je'étais sortaisie tout de suite, je se'aurais sûrement été en retard, alors j'ai décidé de ne pas y aller.

It's a hypothesis that failed to have come true in the past => past conditional

Cependant, j'étais un peu malheureuse de le sauter, et j'avais un peu de culpapbilité, parce que l'école nous offre encore des cours dans ce(s) moment(s) difficile(s) de Ccovid, mais moi, je ne l'ai pas valorisé'en ai pas profité/je n'ai pas saisi cette chance.

Alternative: "je me sentais un peu coupable"
You may pluralize "moment" here, just like you can say "in those difficult timeS" in English

Mais comme c'esle cours était déjà arrivpassé, [je ne pourrvais que le laisser tomber.rien y faire ?]

I was unsure of what you meant at the end
Je ne pouvais rien y faire = I couldn't help it