한국어로 말하기는 것에 대한 두려움과 불안함이 있기 때문에어서 일기를 쓰는 것을기로 결정했어요.

Your original sentence is grammatically correct, so correcting for naturalness.
한국어로 말하기 would be better as 한국어로 말하는 것, and generally, we say ~기로 결정하다 instead of ~는 것을 결정하다.

Both the causation grammar points (-어서, -기 때문에, -(으)니까, ...) and the noun-deriving grammar points (-는 것, -기, -(으)ㅁ) are quite difficult to grasp, so don't worry if you don't understand their exact difference yet. If you would like a more detailed explanation, please feel free to ask (my Discord is in my profile).

작년 석사 입문 수업에서 논문을 구상하고 연구제안서를 써야 됐는데 그때부터 그 논문에 관련된 연구경로를 상상하고 마음 속을 떠나지 않았했어요.

Be careful not to mix up 에 and 에서.
마음 속을 떠나지 않았어요 doesn't work here; the subject of 상상하다 is you, so if you just say 마음 속을 ~, it sounds like you were in your own heart (i.e. it doesn't make sense).

저는 새로운 아이디어들이 계속 넘쳐흘리렀고 그 주제에 대해 읽으면 할읽을수록 다른 기론과 개념을이 더욱 많이 연상시켰떠올랐어요.

흘리다 = to spill something, 흐르다(->흘렀고) = for something to spill, for something to flow
연상시키다 = (for an object) to make someone think of
e.g. 광장에 몰린 인파는 개미 떼를 연상시켰다.

요즘 모든 상념, 개념, 이론과 연구 방법에 대한 생각을 일관된 계획을 맞추고, 직조할해서 철저한 계획을 짜도록 노력했는데도 이류학 교수님께서 석사 논몬에 관한 지도교수를 부탁할 생각만 해도 긴장돼요.

직조'하'도록. But that word doesn't really fit here.
Make sure not to confuse 께 (similar to 에게) and 께서 (similar to 이/가/에게서).

자세심히 준비하더라도 항상 두려워요.

자세히 준비하다 kind of sounds weird. I think 세심히 or 철저히 would be more appropriate, but since we already used 철저히 above...