今日は昔の物理のを習った先生の教室で日本語を勉強しました。

その机は私の首とほとんど同じレベル高さでした。

学校時代に、いつもそんなに居心地が良くない机だったのかと不思議に思いました（or でしたか？）

その机は私の首とほとんど同じレベル高さでした。

「レベル」は能力の高さを表すときに使うことが多いと思います。

その机の高さは私の首とほとんど同じレベルでした。

もしかして椅子も高い？

学校（or　学生）時代にいつもそんなに居心地が良くない机でしたか？

今日は昔習っていた物理の先生（または年寄りの物理の先生）の教室でを使わせてもらい、日本語を勉強しました。

その物理の先生は、元々は物理の先生であるが、日本語が得意なので、今は日本語を教えていて、その先生に物理ではなく日本語を習った、という話なのか、
勉強する場所として、その教室を使った、という話なのか、どちらだろうかと思いました。
oldも、「昔物理をならった」という意味なのか「年配の、高齢の」という意味なのか、どちらだろうと思いました。おそらく両方の意味が含まれているだろうと推測しました。

その机は私の首とほとんど同じレベル高さでした。

shorterさんがいかに身長が低くても、首の高さまである机というのは、とても高い机と思われ、椅子も、足が地面にはつかないような高い椅子が必要と思われます。
そんな不自然な机があるとは思えないので、読解がうまくできていなくて僕が何か誤解しているのか、極端な文化の違いがあるのか、どうなんだろうか、と思います。