昨日夜更かしをしましたから、今日遅く起きは起きるのが遅くなりました。

最初の文章でも大丈夫です。より自然な文章に直してみました。

昼ご飯はラーメンを食べる準備ですので、準備しようとしました。

でも冷蔵庫の中のラーメンが変質し古くなっていました。

今日の午前、11時に起きました。

昨日夜更かしをしましたからてしまったので、今日遅く起きました。

昼ご飯はラーメンを食べる準備予定です。

でも冷蔵庫の中のラーメンが変質しました。

今日のは午前、11時に起きました。

昨日夜更かしをしましたからたので、今日は遅く起きてしまいました。

昼ご飯はにラーメンを食べる準備です。ようと準備していたら、

でも冷蔵庫の中のラーメンが変質し痛んでいました。

二つの文章を一つにまとめました。また、食べ物が「変質した」時のことを、「痛む」と表現します。
「この肉は古くなって痛んでいるから、食べない方がいい」
など。

昼ご飯はラーメンをなので、食べる準備ですをしました。

でも冷蔵庫の中のラーメンが変質していました。

今日のは午前、11時に起きました。

昨日、夜更かしをしましたから、今日遅く起きたので、今日は起きるのが遅くなってしまいました。

間違いではないですが、より自然に直しました。

昼ご飯はラーメンを食べる準備ですよう、と、準備し始めました。

でも冷蔵庫の中のラーメンがは変質していました。

「ラーメンが変質しました」は文法的ですが、より自然には、見たら変質した状態だったわけなので、「ラーメンは変質していました」がいいです。