お世話になっております。

this sentence is not at all wrong but if it's the first time it might be better to say はじめまして. In the context of business, I remember often writing お世話になります when I wrote an email for the first time to a person, but I'm not sure if it's really correct gramatically.

タイトルをご覧になってから疑問に思う所はあるとは存じますが、僭越ながら簡単な自己紹介を下記に挟んでから今後の日記の使い方とタイトルの経緯の説明をご提供させていただければと思います。

母語はポルトガル語で、英語も劣らずに話せま母語に劣らないレベルで話すことが可能ですが、当サイトでは母語でしか添削は行えないため、ポルトガル語で添削数を稼ぐ事に致します。

Since your sentence is very very polite, 話せますが is correct but sounds a little bit awkward. 話すことができますが、話すことが可能ですが suits bettre here.

日本語レベルはとりあえずB２と選択いたしましたが、主に自習と動画や記事等の観賞、解読解で得た言語能力なですので、状況次第ではそれ以上かそれ以下の可能性もございます。

読解=read et understand the contents
解読＝decipher　ex) 暗号の解読

大学の専攻（アジア研究を専攻しておりました）の構造上システム上（or仕組上）、複数の言語科目から二つを選ばなければなりませんでしたが、日本語IからVIを三年間立ち会わせた結果とし学んだとは言いましてはも、初級レベルの日本語しか教わった事がございませんでしたから主に自習で日本語を学ばせていただいたんだと自負しております。

とは言いましても=Although I learned the Japanese for three years,
自習 is studying by yourself, so there is no one with whom you need to use 敬語.

言葉遣いや接し方に対して気まず居心地が悪く感じられる方もいらっしゃるかと思いますが、終始可能な限り尊敬語と謙譲語を使い分けて日記と返事を書いておいく予定でございます。

どう書けば良いのか、どう使い分ければ良いのか理解しかねた際には間違ったと思えるいと判断した表現を使わず丁寧語で文章を書いていきますが、本来はビジネスで扱われる敬語での文章を書きたいと思っておりますので正しい敬語に入れ替えてへと添削していただけますと幸いでございます。

I really don't understand the meaning of 間違ったと思える表現 here, so my correction might be wrong.

敬語統一で日記の記載執筆となりますので「敬語日記」とタイトルに記入致しました。