葡萄牙是一个小国，它只有一个邻国：西班牙。

“它”指代前面的葡萄牙。

中国离葡萄牙很远，但葡萄牙与中国有着重要的经贸关系。

中国离葡萄牙很远，但葡萄牙与中国有着重要的经贸易关系。

中国很远，但葡萄牙与中国虽然葡萄牙距离中国很远，但他们之间有着重要的经贸关系。

Your sentence for oral expression is very good. But for writing , I suggest using "虽然....但是...”

葡萄牙是一个小国，只有一个邻国：——西班牙。

冒号和破折号虽然都有解说的一种用法，但是当“西班牙”只是对你前述用语“邻国”的具体解释时，此处用破折号更为妥当。具体用法见：https://baike.baidu.com/item/冒号/998617
https://baike.baidu.com/item/破折号/999304

中国不仅是世界上面积最大的国家之一，也还有许多邻国。

中国很远，但葡萄牙与中虽距离葡萄牙很远，但二国有着重要的经贸关系。

中国是世界上最大的国家之一，也有许多邻国。

原句没有错。
但是根据翻译理论，通常会把“之一”忽略掉。

葡萄牙距离中国很远，但葡萄牙与中国两者有着重要的经贸关系。