別前日の深夜で、その中、エバレット卿が欲しい望んでいる魔法をさがしてたいたのだ。

別 sounds like it was a long time ago. If you are sleepy that should come from the event of the precedent day, so I would put 前日 instead.

なぜ魔法の本でいっぱいの溢れている図書館なのに、なぜその魔法がを簡単に見つけられなかったのか？

いっぱい is not wrong but sounds too childish here.

チャールズは声の元へ見て主である、小さいな女の子を見に目を向けた。

女の子はボサボサのブロンドの髪をして、寝巻きを着て頭でかつ寝間着姿の彼女は、怯えた目でチャールズを仰いで見上げていた。

「ジェニバーちゃん？」と聞いた。どうしたの？」

「何ですか？」

「再びまた怖い夢を見たの」とジェニバーは答えた。

娘さんのジェニバーは、最近に悪夢について文句を言ったびたび悪夢を見ると訴えていた。

チャールズは、あまり他ができないから、ひざまずいて、ジェニバーを抱いてくれきかかえた。それ以外何もしてやれなかった。

「悪い人はいったが入ってきたの」とジェニバーは言った。

「使用人みたいだけど、サティーン伯母ちゃんのネックレスを取ったの。たくさん他のものも…」

「だけ夢だったただの夢だよ。」

ジェニバーは答えなかって、だけ父さんにすがっ応えず、ただ父さんの腕に顔をうずめていた。

答える(kotaeru)＝when there is a question
応える(kotaeru)＝there isn't a question but an expect for the reaction
Here the latter is correct since Charles didn't ask her a question.

チャールズは抱きすくめたけど、ジェニバー彼女をを抱きかかえたまま、その変な夢について考えていた。

大抵の子供の大抵な悪夢は、怪物や闇についてだったんだ暗闇が出てくるようなものが多い。

でも、使用人はがジュエリー盗んでるについて夢？

なぜジェニバーの夢はとても日常そんなに現実的だったのんだ？

「眠りに戻ってりなさい」とチャールズは言った。

「そして、夢は君を痛められないことを覚えて夢は実際には君を傷つけないから、大丈夫だよ。」

「う、うん。」ジェニバーは頷いた。

チャールズは眉をひそめた悩んだ。

眉をひそめる is used when someone find it impolite or aggressive. It's not the case here.

まだその依頼された魔法を見つけることができていなかった、。でも…深夜ですでに深夜だし、本当にねむらなくてはダメだった。

エバレット卿は、きっと彼は理解するでしょしてくれるだろう。

「もちろん」と彼は答えた。

ジェニバーの手を持って取り、一緒に部屋へ行寝室へ向かった。

行った is not wrong but 向かった is much more frequently used in this kind of context.