インターネットので知り合った友達に一番会いたいです。

私たちはかならり忙しいですが、ときどき電話して、応援していました近況を報告しあっていました(or お互い励ましあっていました)。

３3か月前、私たちは偶然インターネットで会いました。

最初は普通出会うと思いましたが、何度も喋りして、私と性格から勉強まで共通点をたくさん持つのに気づきました。

I'm not sure about "最初は普通出会うと思いましたが"
"最初、知り合った相手との相性は悪くないと思いましたが" might be one possibility, but I'm afraid I might misinterpret.

インタネット上での友達なのに、この関係を大切にしています。

残念なことに、最近、ついその人の連絡先をつい(or 思わず)消してしまいましったので、連絡することができませんでした。

でも運命があれば、ぜひもう一度会うことが出来る(だろう)と信じます。