Éléonore de Habsbourg est la sœur de Charles Quint.

L'imparfait fonctionnerait ici également, car cette dame nous a quittés depuis longtemps

À la suite de la défaite de (la bataille de) Pavie, François Ier fut redétenu et envoyé à plusieurs endroits en t transféré à travers toute l'Espagne.

Vous pouvez supprimer « la bataille » si vous voulez alléger un peu la phrase
Vous êtes retenue quand quelqu'un ou quelque chose vous empêche de partir, vous êtes « DÉtenue » quand vous êtes prisonnière
On dit qu'un prisonnier est « transféré » lorsqu'il est envoyé d'un endroit à un autre
« à travers » indique un déplacement dans plusieurs endroits d'un pays/d'une région, dans plusieurs directions

Pendant cette détention, le roi de France et la princesse habsbourgeoise, qui était alors la veuve d’Emmanuel Ier due Portugal pour l’heure, se rencontrèrent.

« de Portugal » pour la même raison que « de France »
« pour l'heure » s'utilise surtout avec le présent (pour des actions non achevées), ici c'est « alors » qui conviendrait (alors = à ce moment, à cette période)

Comme le traité de Cambrai, qui rétablit la paix entre le Saint -Empire romain germanique et la France, le stipule, l’ait, Éléonore fut forcée de se marier à François Ier.

Passé => stipulait
En général, on dit soit « le Saint-Empire » soit « le Saint-Empire romain germanique » (avec tous les adjectifs que revendiquait cet État, traduction de « Heiliges Römisches Reich deutscher Nation »)
Les articles devant les prénoms ou noms de famille, c'est très familier et dialectal. À la campagne, par chez moi, ça s'entend souvent : « voilà LE Michel ! » :-D mais dans votre texte, on va éviter.